Будь ласка, використовуйте цей ідентифікатор, щоб цитувати або посилатися на цей матеріал: http://rep.btsau.edu.ua/handle/BNAU/8550
Назва: Внутрішньолабораторна апробація протоколу ПЛР для молекулярно-генетичної ідентифікації бактерій роду Staphylococcus spp.
Інші назви: Intralaboratory testing of the PCR protocol for molecular genetic identification of bacteria of the genus Staphylococcus spp.
Автори: Шевченко, Максим Віталійович
Shevchenko, Maksym
Тишківська, Наталія Василівна
Tishkіvska, Natalii
Андрійчук, Андрій Віталійович
Andriychuk, Andriy
Мартиненко, О.А.
Martynenko, O.
Царенко, Тарас Михайлович
Tsarenko, Taras
Ключові слова: ПЛР;tuf ген;апробація праймерів;оптимізація праймерів;мікрофлора собак;Staphylococcus spp.;PCR;tuf gene;approbation of primers;optimization of primers;dog microflora
Дата публікації: 2022
Видавництво: БНАУ
Бібліографічний опис: Шевченко М.В. Внутрішньолабораторна апробація протоколу ПЛР для молекулярно-генетичної ідентифікації бактерій роду Staphylococcus spp. / М.В. Шевченко, Н.В. Тишківська, А.В. Андрійчук та ін. // Наук. вісник вет. медицини: зб-к наук. праць. - Біла Церква: БНАУ, 2022. - Вип. 1. - С.81-91. Doi: 10.33245/2310-4902-2022-173-1-81-91
Короткий огляд (реферат): Наведені результати оптимізації протоколу ідентифікації бактерій Staphylococcus spp. методом полімеразної ланцюгової реакції з детекцією в агарозному гелі та апробації протоколу з польовими штамами відібраними від собак. Визначення параметрів специфічності та чутливості методу проводили на музейних штамах коків S. epidermidis АТСС 14990, S. aureus АТСС 25923, S. aureus subsp. aureus УКМ В-918, S. pneumoniae ATCC 49619 та E. faecalis ATCC 194433. Екстракцію ДНК проводили за допомогою набору IndiSpin Pathogen Kit. Для виготовлення реакційної суміші використали готовий ПЛР мікс NEB OneTaq® 2X Master Mix with Standard Buffer. Для дослідження використовували праймери націлені на ділянку гена tuf, що дають продукт ампліфікації 370 bp. Облік результатів реакції проводили в 2 % агаровому гелі з додаванням етидіум броміду у концентрації 0,5 %. Оптимальну температуру відпалу визначали методом градієнта температур. За дослідження специфічності методики три музейні штами стафілококів були ідентифіковані як позитивні, тимчасом штами інших коків не дали продуктів реакції. Дослідження чутливості методу полягало у виявленні продукту ампліфікації в семи розведеннях бактеріальної суспензії, що відповідають стандартам каламутності McFarland, найменша концентрації була додатково розведена у 10, 100 та 1000 разів. Останнє розведення, що показало наявність продукту ампліфікації відповідає 2×106 КУО в 200 мкл фізіологічного розчину, що використовували для виділення ДНК. Апробацію протоколу ПЛР проведено на польових штамах стафілококів. Для дослідження були відібрані вушні і назальні мазки у собак, а також змиви з клітки-переноски. Первинний посів матеріалу був проведений на маніт-сольовий агар, на цьому середовищі можливий ріст лише галофільних мікроорганізмів. Було виявлено ріст на 17 чашках Петрі. Дослідження змивів з цих чашок методом ПЛР вказало на наявність стафілококів у досліджуваних матеріалах. Результати внутрішньолабораторної апробації ПЛР вказують на те, що використаний нами праймер дає високі показники параметрів специфічності та чутливості. Апробована нами методика може бути використана для підтвердження наявності бактерій Staphylococcus spp. в первинному посіві мазків відібраних від собак.
Опис: The results of optimization of the Staphylococcus spp. identification protocol by polymerase chain reaction with agarose gel detection and approbation of the protocol with wild strains selected from dogs are presented. Determination of the parameters of specificity and sensitivity of the method was performed on museum strains of cocci S. epidermidis ATCC 14990, S. aureus ATCC 25923, S. aureus subsp. aureus UKM B-918, S. pneumoniae ATCC 49619 and E. faecalis ATCC 194433. DNA extraction was performed using the IndiSpin Pathogen Kit. The ready PCR mix NEB OneTaq® 2X Master Mix with Standard Buffer was used to prepare the reaction mixture. Primers targeted to the tuf gene region using an amplification product of 370 bp were used for the study. The reaction results were recorded in a 2% agronomic gel with the addition of ethidium bromide at a concentration of 0.5%. The optimal annealing temperature was determined by the temperature gradient method. In a study of the specificity of the method, three museum strains of staphylococci were identified as positive, while strains of other cocci did not give reaction products. The sensitivity study of the method was to detect the amplification product in seven dilutions of bacterial suspension that meet McFarland turbidity standards, the lowest concentration was further diluted 10, 100 and 1,000 times. The last dilution, which showed the presence of the amplification product corresponds to 2×106 CFU in 200 μl of saline used for DNA isolation.The results of in-laboratory PCR testing indicate that the primer we used gives high indicators of specificity and sensitivity. Our tested technique can be used to confirm the presence of Staphylococcus spp. bacteria in the primary culture of smears taken from dogs.
URI (Уніфікований ідентифікатор ресурсу): http://rep.btsau.edu.ua/handle/BNAU/8550
ISSN: 2310-4902
УДК: 636.09:616.981.25:619
Розташовується у зібраннях:Наукові публікації

Файли цього матеріалу:
Файл Опис РозмірФормат 
vnutrishn'olaboratorna_aprobacija.pdf899,72 kBAdobe PDFПереглянути/Відкрити


Усі матеріали в архіві електронних ресурсів захищені авторським правом, всі права збережені.