Інституційний Репозитарій Білоцерківського НАУ
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://rep.btsau.edu.ua/handle/BNAU/8902| Title: | Порівняльний аналіз методів виділення ДНК із різних тканин риб |
| Other Titles: | A comparative analysis of different DNA extraction methods for fish |
| Authors: | Димань, Тетяна Миколаївна Dyman, Tatyana Шостак, Людмила Вікторівна Shostak, Ludmila Дубін, Олексій Вікторович Dubin, Oleksii Димань, Наталія Олегівна Dyman, Natalia |
| Keywords: | методи виділення ДНК;плавці;печінка;ікра стерляді;сайт-специфічна ПЛР;мультилокусна ПЛР;DNA extraction methods;starlet tissues;site-specific PCR;multilocus PCR |
| Issue Date: | 2023 |
| Publisher: | Білоцерківський НАУ |
| Citation: | Порівняльний аналіз методів виділення ДНК із різних тканин риб / Т. М. Димань, Л. В. Шостак, О. В. Дубін, Н. О. Димань // Tехнологія виробництва і переробки продукції тваринництва = Animal Husbandry Products Production and Processing: збірник. наук. праць .- Біла Церква: БНАУ, 2023 .- Вип. 1. - С. 97-104. doi: 10.33245/2310-9289-2023-178-1-97-104 |
| Abstract: | Екстракція нуклеїнових кислот є початковим етапом молекулярно-генетичних досліджень. Ефективність застосування певної методики виділення ДНК визначається кількістю екстрагованої ДНК, ступенем деградації препарату, загальною тривалістю та трудомісткістю процедури. Під час досліджень рідкісних зникаючих видів і популяцій особливу увагу приділяють виділенню ДНК із джерел, які не спричиняють руйнувань чи загибелі організму. Метою дослідження було порівняння ефективності найбільш поширених методів виділення геномної ДНК із тканин риб для подальшого використання в полімеразній ланцюговій реакції – методу фенол-хлороформної екстракції, методу сольової екстракції та методу екстракції з перхлоратом натрію. Матеріалом для досліджень слугували зафіксовані в етанолі проби плавців, печінки та ікри, відібрані у особин стерляді. Дослідження впливу якості препарату ДНК на перебіг ПЛР проводили за використання двох видів ПЛР – сайт-специфічної, ампліфікуючи фрагмент гена cytochrome-b, та мультилокусної – ISSR-PCR з тринуклеотидним праймером (AGC)6T. Порівняння методик екстракції ДНК підтвердило, що всі вони уможливлюють отримання якісних препаратів ДНК як із свіжих, так і з архівних проб тканин риб для проведення сайт-специфічної ампліфікації. Вихід нуклеїнових кислот за використання різних тканин риб (плавців, печінки та ікри) неоднаковий, тому, коли необхідно отримати максимальну кількість ДНК, доцільно застосовувати методику сольової екстракції. У випадку мультилокусної ампліфікації, зокрема ISSR-PCR, різний ступінь очищення ДНК впливав на перебіг процесу ампліфікації. Додаткове очищення методом сорбції на силіцій оксиді дає змогу позбутися можливих інгібіторів ПЛР і отримати чіткі спектри електрофоретичного розділення продуктів ампліфікації, незважаючи на якість первинного препарату ДНК |
| Description: | Nucleic acids extraction is the initial stage of molecular genetic research. The effectiveness of using a certain method of DNA extraction is determined by the amount of extracted DNA, the degree of probe degradation, the time consuming and laboriousness of the procedure. When researching rare, endangered species and populations, special attention is paid to extracting DNA from sources that do not cause destruction or death of individual. The current study was aimed at comparison the effectiveness of the most common methods of genomic DNA isolation from fish tissues for further use in the polymerase chain reaction. Essen tiallythree DNA extraction methods were employed and compared for the quality of isolated DNA ‒ the phenol-chloroform extraction method, the salt ex traction method, and the sodium perchlorate extraction method. Samples of fins, liver and caver taken from sterletin dividuals fixed in ethanol served as material for research. The study of the effect of DNA probe quality on PCR course was carried out using two types of PCR ‒ site-specific, amplifying the fragment of cytochrome-b gene, and multilocus ‒ ISSR-PCR with a trinucleotide primer (AGC)6T. A comparison of DNA extraction methods confirmed that all of them enable obtaining high-quality DNA from both fresh and archival fish tissue samples for site-specific amplification. The yield of nucleic acids using different fish tissues (fins, liver and caver) is not the same. Therefore, when it is necessary to obtain the maximum amount of DNA, it is advisable to use the salt extraction method. In case of ISSR-PCR, different degrees of DNA purification affected the course of amplification. Additional purification by the method of sorption on Silica allows removing possible PCR inhibitors and obtaining clear spectra of electrophoretic separation of amplification products, regardless of primary DNA quality. |
| URI: | http://rep.btsau.edu.ua/handle/BNAU/8902 |
| ISSN: | 2310-9289 2415-7635 |
| metadata.dc.identifier.udc: | 575:597.442 |
| Appears in Collections: | Наукові публікації |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Porivnialnyi_analiz.pdf | 1,89 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.