Оптимізація полімеразної ланцюгової реакції для моніторингу інфікованості іксодових кліщів Borrelia burgdorferi

Abstract

Визначення показників інфікованості іксодових кліщів збудниками кліщового бореліозу та встановлення належності до патогенного генотипу за допомогою методу ПЛР є важливою складовою для проведення моніторингу, оцінки ризиків та контролю епізоотичної ситуації щодо Лайм-бореліозу на різних територіях. Наведено результати апробації та оптимізації внутрішньолабораторного протоколу класичної полімеразної реакції для ідентифікації збудників хвороби Лайма. Методом класичної ПЛР дослідили вісім проб екстрагованого ДНК з іксодових кліщів, зібраних із рослинності в лісопарковому урочищі «Голендерня», м. Біла Церква Київська область. Проби були сформовані з пулів по десять екземплярів кліщів: сім пулів – кліщі роду I. ricinus та один пул – кліщі роду D. reticulatus. Використали набори праймерів для виявлення ДНК комплексу борелій Borrelia burgdorferi sensu lato; Borrelia burgdorferi та патогенних борелій: Borrelia burgdorferi sensu stricto Borrelia garinii та Borrelia afzelii. Було модифіковано протокол виділення нуклеїнових кислот з кліщів за допомогою комерційного набору Indi Spin Pathogen Kit. Оптимізацію температурних режимів ампліфікації провели методом градієнта температур відпалу для кожної пари праймерів. За результатами дослідження розроблено внутрішньолабораторні протоколи класичної ПЛР з використанням специфічних олігонуклеотидних праймерів. Встановили, що в кожному з пулів I. ricinus та D. reticulatus були наявні інфіковані екземпляри кліщів комплексом борелій Borrelia burgdorferi sensu lato та генотипом Borrelia afzelii, а також ідентифіковано генотип Borrelia burgdorferi sensu stricto в одному з пулів I. ricinus та D. reticulatus, ДНК генотип Borrelia garinii не виявлено. Розроблені внутрішньолабораторні протоколи класичної ПЛР в подальшому будуть використані для досліджень інфікованості іксодових кліщів збудниками кліщового бореліозу: Borrelia burgdorferi sensu lato, Borrelia burgdorferi sensu stricto та Borrelia afzelii.