Інституційний Репозитарій Білоцерківського НАУ
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://rep.btsau.edu.ua/handle/BNAU/2857| Title: | Розроблення діагностичної тест-системи для виявлення Flavobacterium psychrophilum у райдужної форелі |
| Other Titles: | Development of diagnostic test-system for determination of Flavobacterium psychrophilum in rainbow trout |
| Authors: | Гриневич, Наталія Євгеніївна Grynevych, Nataliia Облап, Руслан Васильович Oblap, Ruslan Димань, Тетяна Миколаївна Dyman, Tetyana Хом’як, Олександр Андрійович Khomiak, Oleksandr |
| Keywords: | епізоотія;флавобактеріоз;Flavobacterium psychrophilum;ПЛР-РЧ;ампліфікація;флуоресценція;праймери;epizooty;flavobacteriosis;Flavobacterium psychrophilum;PCR-RT;amplification;fluorescence;primers |
| Issue Date: | 2018 |
| Publisher: | Сумський національний аграрний університет |
| Citation: | Розроблення діагностичної тест-системи для виявлення Flavobacterium psychrophilum у райдужної форелі // Н.Є.Гриневич, Р.В.Облап, Т.М.Димань, О.А.Хом’як // Вісник Сумського національного аграрного університету: науковий журнал . – 2018 .- № 11(43). – С. 97 - 101. |
| Abstract: | Бактерії Flavobacterium psychrophilum широко розповсюджені у всьому світі і призводять до значних збитків у риб-ному господарстві передусім через те, що спричиняють так звану хворобу холодної води (з англ. bacterial cold water disease, BCWD). За використання технології TaqMan методу полімеразної ланцюгової реакції у реальному часі (ПЛР-РЧ) було розроблено тест-систему для виявлення F. psychrophilum у райдужної форелі. Пару праймерів з зондом FPGyrB для ідентифікації ДНК F. psychrophilum було підібрано за допомогою комп‘ютерної програми Primer Express 3.0 (Applied Biosystems). Для цього було використано послідовність гена GyrB. Обраний зонд було мічено флуоресційним барвником HEX та гасником флуоресценції BHQ1. Теоретичну специфічність підібраних праймерів оцінювали за допомогою алгоритму BLAST. Аналітичну чутливість розробленої тест-системи визначали за допомогою зразка ДНК, виділеного із чистої культури бактерій. Перевірку специфічності роботи праймерів, підібраних для ідентифікації F. Psychrophilum, здійснювали шляхом тестування зразків ДНК, ізольованих із таких культур як F. columnare, F. branchiophilum, F. oncorynchi, Pseudomonas fluorescens, Aeromonas salmonicida, Shewanella putrifaciens. Перехресних реакцій при цьому виявлено не було. Результати досліджень підтвердили 100 % специфічність підібраних праймерів. |
| Description: | The bacteria Flavobacterium psychrophilum is widespread throughout the world and leads to significant losses in fisheries, primarily because of the so-called cold water disease. Using TaqMan technology of realtime polymerase chain reaction (PCR-RT), a test system was developed to determine F. Psychrophilum in rainbow trout. A pair of primers with an FPGyrB probe for identification of F. Psychrophilum DNA was selected using the Primer Express 3.0 computer program (Applied Biosystems). For this, the G yrB gene sequence was used. The probe was labeled with a fluorophore HEX and a BHQ1 fluorescence quencher. The theoretical specificity of the selected primers was evaluated using the BLAST algorithm. The analytical sensitivity of the developed test system was determined using a DNA sample isolated from a pure bacterial culture. The specificity of the primers selected for identification of F. psychrophilum was checked by testing DNA samples isolated from such cultures as F. columnare, F. branchiophilum, F. oncorynchi, Pseudomonas fluorescens, Aeromonas salmonicida, Shewanella putrifaciens. No cross reactions were detected. The research results confirmed the 100 % specificity of the selected primers. |
| URI: | http://rep.btsau.edu.ua/handle/BNAU/2857 |
| ISSN: | 2518-1246 |
| metadata.dc.identifier.udc: | 575:17, 575.21:577.21 |
| Appears in Collections: | Наукові публікації |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| Rozroblennia_diahnostychnoi.pdf | 418,09 kB | Adobe PDF | View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.